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鲫鱼群体是中国自然江河流域中的重要经济品种，在洞庭湖流域中，广泛的分布着二倍体、三倍体和四倍体鲫鱼群体，近年的调查研究，发现二倍体与三倍体群体的比例正逐年改变，在2006年到2009年期间，二倍体群体比例不断减少，这与近年洞庭湖水域的水质环境的改变密切相关，基于以上的研究基础，作者挑选该流域的二倍体和三倍体鲫鱼个体，借助高通量测序中的mRNA-seq和miRNA-seq技术，针对两个不同倍型鲫鱼群体在不断改变的江河环境中，所发生的表观遗传学层面的变化情况，进行系统的研究分析，期望找到导致三倍体个体比二倍体个体具有更好适应性的潜在调控机制。
差异表达研究显示二倍体鲫鱼相比三倍体而言，有566个基因发生了上调现象，758个基因发生了下调现象，其中33个差异表达基因富集在MAPK信号通路上，该通路的表达变化对个体新陈代谢功能具有重要的影响，其中8个基因的表达变化是受到对应的miRNAs表达变化导致的。除此之外，我们还针对这两个不同倍型群体进行了杂合度和kaks的研究，研究发现，这两类群体中21个基因发生了不同程度的正选择效应。推测这类研究可以为考察自然水域环境改变下的生物环境适应和其潜在调控机制提供重要的参考。